AT1G66740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ASF1 like histone chaperone | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Located on the SSL2 region of Arabidopsis thaliana, which is homeologous to the Brassica S locus for self incompatibility. Expressed in both vegetative and reproductive organs suggesting AtSP7 might not be involved in self incompatibility. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SGA2; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: chromatin assembly or disassembly, nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone chaperone, ASF1-like (InterPro:IPR006818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: anti- silencing function 1b (TAIR:AT5G38110.1); Has 608 Blast hits to 608 proteins in 232 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 247; Fungi - 167; Plants - 75; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 119 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:24892586..24893548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22133.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 3.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 196 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSAIKITNVA VLHNPAPFVS PFQFEISYEC LNSLKDDLEW KLIYVGSAED ETYDQLLESV LVGPVNVGNY RFVFQADPPD PSKIQEEDII GVTVLLLTCS 101: YMGQEFLRVG YYVNNDYEDE QLKEEPPTKV LIDKVQRNIL SDKPRVTKFP IDFHPEEEQT AATAAPPEQS DEQQPNVNGE AQVLPDQSVE PKPEES |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)