AT3G04780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF1000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with little sequence identity with any other protein of known structure or function. Part of this protein shows a 42% sequence identity with the C-terminal domain of the 32-kD human thioredoxin-like protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin, core (InterPro:IPR015467), Proteasome-interacting thioredoxin-like domain, C-terminal (InterPro:IPR010400); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF1000) (TAIR:AT2G25950.1); Has 606 Blast hits to 606 proteins in 196 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 245; Fungi - 186; Plants - 75; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 100 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1311447..1313013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19671.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 176 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSAESASQIP KGQVDLLDFI DWSGVECLNQ SSSHSLPNAL KQGYREDEGL NLESDADEQL LIYIPFNQVI KLHSFAIKGP EEEGPKTVKF FSNKEHMCFS 101: NVNDFPPSDT AELTEENLKG KPVVLKYVKF QNVRSLTIFI EANQSGSEVT KVQKIALYGS TVETTDMKGL KKIEDH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)