AT1G65790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : receptor kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
An alternatively spliced gene that encodes a functional transmembrane receptor serine/threonine kinase, alternate form may not have transmembrane domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
receptor kinase 1 (RK1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Curculin-like (mannose-binding) lectin (InterPro:IPR001480), Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), PAN-2 domain (InterPro:IPR013227), Apple-like (InterPro:IPR003609), S-locus receptor kinase, C-terminal (InterPro:IPR021820), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), S-locus glycoprotein (InterPro:IPR000858), S-locus, receptor kinase (InterPro:IPR022126); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: receptor kinase 2 (TAIR:AT1G65800.1); Has 122289 Blast hits to 120537 proteins in 4566 species: Archae - 105; Bacteria - 13863; Metazoa - 44387; Fungi - 10421; Plants - 35006; Viruses - 434; Other Eukaryotes - 18073 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:24468932..24472329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 95950.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 843 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRSVPNYHHS FFIFLILILF LAFSVSPNTL SATESLTISS NKTIISPSQI FELGFFNPAS SSRWYLGIWY KIIPIRTYVW VANRDNPLSS SNGTLKISGN 101: NLVIFDQSDR PVWSTNITGG DVRSPVAAEL LDNGNFLLRD SNNRLLWQSF DFPTDTLLAE MKLGWDQKTG FNRILRSWKT TDDPSSGEFS TKLETSEFPE 201: FYICSKESIL YRSGPWNGMR FSSVPGTIQV DYMVYNFTAS KEEVTYSYRI NKTNLYSRLY LNSAGLLQRL TWFETTQSWK QLWYSPKDLC DNYKVCGNFG 301: YCDSNSLPNC YCIKGFKPVN EQAWDLRDGS AGCMRKTRLS CDGRDGFTRL KRMKLPDTTA TIVDREIGLK VCKERCLEDC NCTAFANADI RNGGSGCVIW 401: TREILDMRNY AKGGQDLYVR LAAAELEDKR IKNEKIIGSS IGVSILLLLS FVIFHFWKRK QKRSITIQTP NVDQVRSQDS LINDVVVSRR GYTSKEKKSE 501: YLELPLLELE ALATATNNFS NDNKLGQGGF GIVYKGRLLD GKEIAVKRLS KMSSQGTDEF MNEVRLIAKL QHINLVRLLG CCVDKGEKML IYEYLENLSL 601: DSHLFDQTRS SNLNWQKRFD IINGIARGLL YLHQDSRCRI IHRDLKASNV LLDKNMTPKI SDFGMARIFG REETEANTRR VVGTYGYMSP EYAMDGIFSM 701: KSDVFSFGVL LLEIISGKRN KGFYNSNRDL NLLGFVWRHW KEGNELEIVD PINIDSLSSK FPTHEILRCI QIGLLCVQER AEDRPVMSSV MVMLGSETTA 801: IPQPKRPGFC IGRSPLEADS SSSTQRDDEC TVNQITLSVI DAR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)