AT1G64040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : type one serine/threonine protein phosphatase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the catalytic subunit of a Type 1 phosphoprotein Ser/Thr phosphatase, expressed in roots, shoots and flowers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
type one serine/threonine protein phosphatase 3 (TOPP3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Metallophosphoesterase (InterPro:IPR004843), Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase (InterPro:IPR006186); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Calcineurin-like metallo-phosphoesterase superfamily protein (TAIR:AT4G11240.1); Has 6826 Blast hits to 6627 proteins in 481 species: Archae - 78; Bacteria - 203; Metazoa - 2409; Fungi - 1417; Plants - 984; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1735 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:23758626..23760274 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36217.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 322 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDSVVDDVI KRLLGAKNGK TTKQVQLTEA EIKHLCSTAK QIFLTQPNLL ELEAPIKICG DTHGQFSDLL RLFEYGGYPP AANYLFLGDY VDRGKQSVET 101: ICLLLAYKIK YKENFFLLRG NHECASINRI YGFYDECKKR YSVRVWKIFT DCFNCLPVAA LIDEKILCMH GGLSPELKHL DEIRNIPRPA DIPDHGLLCD 201: LLWSDPDKDI EGWGENDRGV SYTFGADKVE EFLQTHDLDL ICRAHQVVED GYEFFANRQL VTIFSAPNYC GEFDNAGAMM SVDDSLTCSF QILKASEKKG 301: NFGFGKNAGR RGTPPRKGGG KG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)