AT1G61400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : S-locus lectin protein kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
S-locus lectin protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation, recognition of pollen; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.10 ten leaves visible, F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Curculin-like (mannose-binding) lectin (InterPro:IPR001480), PAN-2 domain (InterPro:IPR013227), Apple-like (InterPro:IPR003609), S-locus receptor kinase, C-terminal (InterPro:IPR021820), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), S-locus glycoprotein (InterPro:IPR000858), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-locus lectin protein kinase family protein (TAIR:AT1G61440.1); Has 121199 Blast hits to 119404 proteins in 4639 species: Archae - 104; Bacteria - 13586; Metazoa - 44984; Fungi - 10008; Plants - 34580; Viruses - 439; Other Eukaryotes - 17498 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:22654638..22657774 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 91967.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 819 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDFLFLLLER KNKHMGKKRV VLLWLSIFIS FSSAEITEES PLSIGQTLSS SNGVYELGFF SFNNSQNQYV GISFKGIIPR VVVWVANREK PVTDSAANLV 101: ISSNGSLQLF NGKHGVVWSS GKALASNGSR VELLDSGNLV VIEKVSGRTL WESFEHLGDT LLPHSTIMYN VHTGEKRGLT SWKSYTDPSP GDFVVLITPQ 201: VPSQGFLMRG STPYFRSGPW AKTKFTGLPQ MDESYTSPFS LTQDVNGSGY YSYFDRDNKR SRIRLTPDGS MKALRYNGMD WDTTYEGPAN SCDIYGVCGP 301: FGFCVISVPP KCKCFKGFIP KSIEEWKTGN WTSGCVRRSE LHCQGNSTGK DANVFHTVPN IKPPDFYEYA DSVDAEECQQ NCLNNCSCLA FAYIPGIGCL 401: MWSKDLMDTV QFAAGGELLS IRLARSELDV NKRKKTIIAI TVSLTLFVIL GFTAFGFWRR RVEQNALISE DAWRNDLQTQ DVPGLEYFEM NTIQTATNNF 501: SLSNKLGHGG FGSGKLQDGR EIAVKRLSSS SEQGKQEFMN EIVLISKLQH RNLVRVLGCC VEGTEKLLIY EFMKNKSLDT FVFVFTRCFC LDSKKRLEID 601: WPKRFDIIQG IARGLLYLHR DSRLRIIHRD LKVSNILLDE KMNPKISDFG LARMFHGTEY QDKTRRVVGT LGYMSPEYAW AGVFSEKSDI YSFGVLLLEI 701: ISGEKISRFS YGEEGKTLLA YAWECWCGAR GVNLLDQALG DSCHPYEVGR CVQIGLLCVQ YQPADRPNTL ELLSMLTTTS DLPLPKQPTF VVHTRDGKSP 801: SNDSMITVNE MTESVIHGR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)