AT1G56240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.556 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phloem protein 2-B13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
phloem protein 2-B13 (PP2-B13); FUNCTIONS IN: carbohydrate binding; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phloem protein 2-B14 (TAIR:AT1G56250.1); Has 533 Blast hits to 519 proteins in 34 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 533; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:21056351..21057409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31943.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 284 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMMLPEACVA NILAFTSPAD AFSSSEVSSV FRLAGDSDFV WEKFLPSHYK SLISQSTDHH RIFSSKKEIY RCLCDSLLID NARKLFKINK FSGKISYILS 101: ARDISITYSD HASYCSWSNV SDSRFSESAE LITTDRLEIK GKIQTTVLSP NTKYGAYLIM KVTNGAYGLD LVPAETSVKS KNGQNNKNTT YLCCLDEKKQ 201: QMKRLFYGNR EERMAMTVEA VGGDGKRREP KARDDGWLEI ELGEFVTREG EDDEVNMSLT EVKGYQLKGG IVIDGIEVRP IPLK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)