AT1G55370.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NDH-dependent cyclic electron flow 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
NDH-dependent cyclic electron flow 5 (NDF5); FUNCTIONS IN: carbohydrate binding, catalytic activity; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding (InterPro:IPR011013); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NDH-dependent cyclic electron flow 1 (TAIR:AT1G64770.2); Has 58 Blast hits to 57 proteins in 13 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 58; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20674852..20675857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34386.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 308 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALVHYMNVS RSTFPLSRSS KINLSSSFAS LPLQFHKNIK RLESSVPPSA SASASPAFPI DVEYLRREFS GHGATFEDIG ETCIARLKLD NGSSANVMLT 101: RGMITSYKVR VWHGGKVELL HTWVEQEEEE VVIRGGVSSA FRSSDSDEIS DWRLQGISGD SKDCVQMELR RSDKKIKEIE LKQIISLREN TLSIELSMTN 201: KGISPIKLEG CSLVSYLTVS TPEATYAVGL EGSDFVETTP FLPRFGVVQG EKEEEKPGFG GEEESNYKQL NREMSRIYTC APKSFTVIDR VVILTKLQLY 301: LNFLCGFI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)