AT1G33340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.905 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ENTH/ANTH/VHS superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ENTH/ANTH/VHS superfamily protein; FUNCTIONS IN: phospholipid binding, clathrin binding, binding, phosphatidylinositol binding; INVOLVED IN: clathrin coat assembly; LOCATED IN: clathrin coat; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Epsin-like, N-terminal (InterPro:IPR013809), ANTH (InterPro:IPR011417), ENTH/VHS (InterPro:IPR008942), Clathrin adaptor, phosphoinositide-binding, GAT-like (InterPro:IPR014712); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ENTH/ANTH/VHS superfamily protein (TAIR:AT5G57200.1); Has 380 Blast hits to 359 proteins in 25 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 374; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:12087628..12088752 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42112.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 374 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRLDLSAKFR QVLGLAKDHA SIGRAIVQNY NEKAFFDIEV AVVRATSHDD CPVDDKTMHE ILFLVSNTPG SIPFLAEQIS RRLAKTRDCL VAGKTLLLFH 101: RLLRGSSRSI EQQLHIAHTS GHLQIGCSWF MMSLDSRSFV FLQNYVAYLQ ERVGWIINQA GKLEPVMSGG TKFSRYKEKS MDLVFHILPK CQEFIAQVLK 201: CSPVDAWPID NLVQAATGNI LKESFQVYMT YSDGMTALVS MLFDLSRPAR DLACGMLRKA SQQIQDLRIL YDKCRGFAGM KSLDYPSVQA ISMDHIVALE 301: ECSSYGGKRG FSLSTNLRDA ITCNELKQEQ HSASFSSTSP FSLPVETKIS MVWVVFDNED GEESDKQTEK AYER |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)