AT3G62950.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.949 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Thioredoxin superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Thioredoxin superfamily protein; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, protein disulfide oxidoreductase activity; INVOLVED IN: cell redox homeostasis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 8 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glutaredoxin-like, plant II (InterPro:IPR011905), Glutaredoxin (InterPro:IPR002109), Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Glutaredoxin subgroup (InterPro:IPR014025), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Thioredoxin superfamily protein (TAIR:AT2G47870.1); Has 1580 Blast hits to 1576 proteins in 382 species: Archae - 0; Bacteria - 356; Metazoa - 244; Fungi - 174; Plants - 738; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 68 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:23266303..23266614 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 11312.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 103 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MERIRDLSSK KAAVIFTKSS CCMCHSIKTL FYELGASPAI HELDKDPEGR EMERALRALG SSNPAVPAVF VGGRYIGSAK DIISFHVDGS LKQMLKDAKA 101: IWL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)