AT1G32500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : non-intrinsic ABC protein 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of a heterogenous group of non-intrinsic ATP-binding cassette (ABC) proteins. Members of this group bear no close resemblance to each other nor to representatives of specific ABC protein subfamilies from other organisms. This grouping is arbitrary and will likely change upon acquisition of further data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
non-intrinsic ABC protein 6 (NAP6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SUF system FeS cluster assembly, SufBD (InterPro:IPR000825); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATP binding cassette protein 1 (TAIR:AT4G04770.1); Has 9763 Blast hits to 9763 proteins in 1806 species: Archae - 246; Bacteria - 6215; Metazoa - 1; Fungi - 6; Plants - 107; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3188 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11750091..11751994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52827.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 475 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAATVLGRL SLIPNLSSKP KLKSNRRTTS TSVSVRAQAS FSDPFVLQLA ESLEDSLSAS PSSSLPLQRI RDSSAETLLS TPWPSRKDEP FRFTDTSLIR 101: SSQIEPISTQ QRNSEILDNL TETQFTNAVI IDGFVSNLTI GPSDLPDGVY FGKYSGLPDE LTNRISEFIG NFDSGDLFWS INGMGAPDLM VIYVPEGCKV 201: ENPIYLRYFS GETGDRESKR LPVSNPRVFV LVEEGGEIGI VEEFVGKDEE GFYWTNPVLE VVVQKNAKLK HSYLQKESMA SAHIKWTFVR QEAESEYELV 301: EVSTGGKLGR HNVHVQQLGP DTLTELTTFH MCVNEQTLDL HSKIILDHPR GASRQLHKCI VAHSSGQAVF DGNVRVNRFA QQTNAGQLTR SLLLKPRATV 401: NIKPNLQIIA DDVKCSHGAA ISDLEEDQLF YFQARGIDLE TARRALISSF GSEVIEKFPN REIRDQARNH VKGLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)