AT1G32330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : heat shock transcription factor A1D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of Heat Stress Transcription Factor (Hsf) family. Negatively regulated by HSP90.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
heat shock transcription factor A1D (HSFA1D); FUNCTIONS IN: protein binding, DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to heat; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding (InterPro:IPR000232); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: heat shock factor 1 (TAIR:AT4G17750.1); Has 2363 Blast hits to 2344 proteins in 251 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 417; Fungi - 488; Plants - 855; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 591 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11657265..11660234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54527.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 485 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDVSKVTTSD GGGDSMETKP SPQPQPAAIL SSNAPPPFLS KTYDMVDDHN TDSIVSWSAN NNSFIVWKPP EFARDLLPKN FKHNNFSSFV RQLNTYGFRK 101: VDPDRWEFAN EGFLRGQKHL LQSITRRKPA HGQGQGHQRS QHSNGQNSSV SACVEVGKFG LEEEVERLKR DKNVLMQELV RLRQQQQSTD NQLQTMVQRL 201: QGMENRQQQL MSFLAKAVQS PHFLSQFLQQ QNQQNESNRR ISDTSKKRRF KRDGIVRNND SATPDGQIVK YQPPMHEQAK AMFKQLMKME PYKTGDDGFL 301: LGNGTSTTEG TEMETSSNQV SGITLKEMPT ASEIQSSSPI ETTPENVSAA SEATENCIPS PDDLTLPDFT HMLPENNSEK PPESFMEPNL GGSSPLLDPD 401: LLIDDSLSFD IDDFPMDSDI DPVDYGLLER LLMSSPVPDN MDSTPVDNET EQEQNGWDKT KHMDNLTQQM GLLSPETLDL SRQNP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)