AT1G15340.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : methyl-CPG-binding domain 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Protein containing methyl-CpG-binding domain.Has sequence similarity to human MBD proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
methyl-CPG-binding domain 10 (MBD10); FUNCTIONS IN: methyl-CpG binding, DNA binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Methyl-CpG DNA binding (InterPro:IPR001739); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: methyl-CPG-binding domain 11 (TAIR:AT3G15790.1); Has 137026 Blast hits to 72034 proteins in 3183 species: Archae - 674; Bacteria - 27556; Metazoa - 48373; Fungi - 14456; Plants - 6804; Viruses - 747; Other Eukaryotes - 38416 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:5275895..5277474 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42360.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 384 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENTDELVSI ELPAPASWKK LFYPKRAGTP RKTEIVFVAP TGEEISSRKQ LEQYLKAHPG NPVISEFEWT TGETPRRSSR ISQKVKATTP TPDKEPLLKK 101: RRSSLTKKDN KEAAEKNEEA AVKENMDVDK DGKTENAEAE KEKEKEGVTE IAEAEKENNE GEKTEAEKVN KEGEKTEAGK EGQTEIAEAE KEKEGEKAEA 201: ENKEAEVVRD KKESMEVDTS ELEKKAGSGE GAEEPSKVEG LKDTEMKEAQ EVVTEADVEK KPAEEKTENK GSVTTEANGE QNVTLGEPNL DADAEADKGK 301: ESKEYDEKTT EAEANKENDT QESDEKKTEA AANKENETQE SDVKKTEAAV AEEKSNDMKA EDTNRSLEAN QVQQQQGAAA SVSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)