AT1G28660.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, acting on ester bonds, carboxylesterase activity; INVOLVED IN: lipid metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lipase, GDSL (InterPro:IPR001087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein (TAIR:AT1G28670.1); Has 3386 Blast hits to 3342 proteins in 190 species: Archae - 0; Bacteria - 258; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 3114; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 12 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:10071856..10073371 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42035.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 383 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSLKKLIS SFLLVLYSTT IIVASSESRC RRFTSIISFG DSIADTGNIL HLSDVNHLPQ TAFFPYGESF FHPPSGRASD GRLIIDFIAE FLGLPYVPPY 101: FGSQNVSFEQ GINFAVYGAT ALDRAYFVAK GIESDFTNVS LGVQLDIFKQ ILPNLCASSS RDCREMLGDS LILMGEIGGN DFFYPSSEGK SINETKLQDL 201: IIKAISSAIV DLIALGGKTF LVPGGFPAGC SAACLTQYQN ATEEDYDPLT GCIPRLNELG EHDNEQLKTE LKRLQKLYPD VNIIYADYHN SLYRFYQEPA 301: KYGFKNKPLA ACCGVGGKYN FTIGKECGYE GVSYCQNPSE YVNWDGYHLT EAAYQKMAEG ILNGPYATPA FDWSCLGSGT VDT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)