AT1G27200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Domain of unknown function (DUF23) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF23 (InterPro:IPR008166); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT3G27330.1); Has 321 Blast hits to 319 proteins in 87 species: Archae - 0; Bacteria - 165; Metazoa - 2; Fungi - 4; Plants - 113; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 37 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:9449812..9451539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66364.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 575 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTEYENGKKR KVRNKQQVKV QFLSQRYLIL CFCCFFVLLF FLSSDRISTL SVRSDSLRPS LRVPTLSVLS SSMDSFHRGR FPPLSVEDRV QFPDHLLLIL 101: SHGIGKGEKN LVCVYRGVKE ETLVLPSISS DEFDEFRSIV RCPNAPLNYS SSVDLQFRGD LVKKKMKKQS RRVHNWEKVG YEAVIDGDTV VVFVKGLTRR 201: PHKESDPSYY KCQFEIENSE EKEVTQAIAA AQEVVRCGLP ESLKLNPEMM FRVSVIHIDP RGRTTPALPS VARIYGSDSI EKKEKKSGVK HELCVCTMLW 301: NQAPFLREWI MYHSWLGVER WFIYDNNSDD GIQEEIELLS SENYNVSRHV WPWIKTQEAG FSHCAVRAKE ECNWVGFFDV DEFYYFPTHR SQGLPSKNAL 401: KSLVSNYTSW DLVGEIRTDC HSYGPSGLTS VPSQGVTVGY TCRQANPERH KSIIRPELLT SSLLNEVHHF QLKEGVGHMS LVESVAVVNH YKYQVWDTFK 501: AKFYRRVATY VVDWQENQNQ GSKDRAPGLG TEAIEPPDWK RRFCEVWDTG LKDLVMSNFA DQVTGYLPWQ RQQQE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)