AT1G22740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB GTPase homolog G3B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
GTP-binding protein Rab7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RAB GTPase homolog G3B (RABG3B); FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: intracellular protein transport, signal transduction, nucleocytoplasmic transport, protein transport, small GTPase mediated signal transduction; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ran GTPase (InterPro:IPR002041), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Ras type (InterPro:IPR003577), Small GTPase, Rho type (InterPro:IPR003578), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTPase (InterPro:IPR020851), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB GTPase homolog G3A (TAIR:AT4G09720.1); Has 25691 Blast hits to 25666 proteins in 724 species: Archae - 21; Bacteria - 135; Metazoa - 13533; Fungi - 3489; Plants - 2837; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 5656 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:8049247..8050494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22946.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 203 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTRRRTLLK VIILGDSGVG KTSLMNQYVN NKFSQQYKAT IGADFVTKEL QIDDRLVTLQ IWDTAGQERF QSLGVAFYRG ADCCVLVYDV NHLKSFESLD 101: NWHNEFLTRA SPRDPMAFPF ILLGNKVDID GGNSRVVSEK KAREWCAEKG NIVYFETSAK EDYNVDDSFL CITKLALANE RDQDIYFQPD TGSVPEQRGG 201: CAC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)