AT1G21550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.968 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Calcium-binding EF-hand family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Calcium-binding EF-hand family protein; FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF-hand (InterPro:IPR018248); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calmodulin like 42 (TAIR:AT4G20780.1); Has 8971 Blast hits to 8616 proteins in 1133 species: Archae - 0; Bacteria - 20; Metazoa - 2955; Fungi - 1509; Plants - 3114; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1373 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:7553317..7553784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17943.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 155 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDCSFITTND LRRMFKTLDK NQDGLVTLDE LLWILDKLGW AEHTPDELEL IVGKQSLDLD EFLRFYYDAV LDSKGSKKNI DVVADNDEAI ARAFNVFDVN 101: GDGYISAEEL RDVLERLGFE EEAKAWDCGR MIRVHDKNLD GFVDFEEFKN MILHV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)