AT1G18250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pathogenesis-related thaumatin superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a thaumatin-like protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATLP-1; INVOLVED IN: response to other organism; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thaumatin, conserved site (InterPro:IPR017949), Thaumatin, pathogenesis-related (InterPro:IPR001938); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pathogenesis-related thaumatin superfamily protein (TAIR:AT1G73620.1); Has 1566 Blast hits to 1554 proteins in 172 species: Archae - 0; Bacteria - 23; Metazoa - 54; Fungi - 80; Plants - 1398; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6277024..6278005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25908.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 243 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASINLFLFA FLLLLSHASA STVIFYNKCK HPVWPGIQPS AGQNLLAGGG FKLPANKAHS LQLPPLWSGR FWGRHGCTFD RSGRGHCATG DCGGSLSCNG 101: AGGEPPATLA EITLGPELDF YDVSLVDGYN LAMSIMPVKG SGQCSYAGCV SDLNQMCPVG LQVRSRNGKR VVACKSACSA FNSPQYCCTG LFGNPQSCKP 201: TAYSKIFKVA CPKAYSYAYD DPTSIATCSK ANYIVTFCPH HRH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)