AT1G18200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.793 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB GTPase homolog A6B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RAB GTPase homolog A6B (RABA6b); FUNCTIONS IN: GTP binding, GTPase activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, signal transduction, nucleocytoplasmic transport, protein transport, small GTPase mediated signal transduction; LOCATED IN: intracellular; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ran GTPase (InterPro:IPR002041), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Ras type (InterPro:IPR003577), Rab11-related (InterPro:IPR015595), Small GTPase, Rho type (InterPro:IPR003578), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579), Small GTPase (InterPro:IPR020851); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB GTPase homolog A6A (TAIR:AT1G73640.1); Has 27350 Blast hits to 27317 proteins in 747 species: Archae - 26; Bacteria - 153; Metazoa - 14378; Fungi - 3650; Plants - 3208; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 5915 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6265416..6266659 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25618.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 229 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEESYDEEC DYLFKAVLIG DSAVGKSNLL SRFSRDEFRL DSKPTIGVDF AYRNVRVGDK TIKAQIWDTA GQERFRAITS SYYRGALGAL LIYDITRRIT 101: FKNIEKWLSE LRGFSSPETV VVLVGNKSDL GQSREVEEEE GKTLAESEGL YFLETSALEN QNVEEAFLSM IGRIHEVLTQ KIVLDNRLNG DGNNESNGAV 201: VPPGKEIVNI HEVTATRPLS TSLSNCCYK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)