AT1G13700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.994 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 6-phosphogluconolactonase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
6-phosphogluconolactonase 1 (PGL1); FUNCTIONS IN: 6-phosphogluconolactonase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: pentose-phosphate shunt, carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.06 six leaves visible, LP.04 four leaves visible, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 6-phosphogluconolactonase, DevB-type (InterPro:IPR005900); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NagB/RpiA/CoA transferase-like superfamily protein (TAIR:AT5G24400.1); Has 3744 Blast hits to 3744 proteins in 1410 species: Archae - 0; Bacteria - 2521; Metazoa - 189; Fungi - 243; Plants - 155; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 636 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4694475..4695600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29888.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 268 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALTWTHKDR GEIRVHENLE ELSIDLVDYI AEISEASIKE HGAFCIVLSG GSLISFMGKL IEPPYDKIVD WAKWYVFWAD ERVVAKNHDD SNYKLAKDNL 101: LSKVNVFPRH ICSINDTVSA EEAATEYEFA IRQMVRSRTV AASDNSDSPR FDLILLGMGS DGHVASLFPN HPALEVKDDW VTFLTDSHKP PPERITFTLP 201: VINSAANVVV VATGESKANA IHLAIDDLPL PDSSLSLPAR LVHPSNGNLI WFMDKQAGSK LDRFKFSE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)