AT1G13440.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase C2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase C2 (GAPC2); FUNCTIONS IN: copper ion binding, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to cadmium ion, gluconeogenesis, defense response to bacterium, glycolysis; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase subfamily (InterPro:IPR000173), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase family (InterPro:IPR020831), Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I (InterPro:IPR006424), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site (InterPro:IPR020830), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain (InterPro:IPR020829), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain, subgroup (InterPro:IPR020832), Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain (InterPro:IPR020828); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase C subunit 1 (TAIR:AT3G04120.1); Has 25382 Blast hits to 25370 proteins in 6374 species: Archae - 87; Bacteria - 10988; Metazoa - 2357; Fungi - 2864; Plants - 3864; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5222 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4608465..4610494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 36915.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 7.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 338 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADKKIRIGI NGFGRIGRLV ARVVLQRDDV ELVAVNDPFI TTEYMTYMFK YDSVHGQWKH HELKVKDDKT LLFGEKPVTV FGIRNPEDIP WGEAGADFVV 101: ESTGVFTDKD KAAAHLKGGA KKVVISAPSK DAPMFVVGVN EHEYKSDLDI VSNASCTTNC LAPLAKVIND RFGIVEGLMT TVHSITATQK TVDGPSMKDW 201: RGGRAASFNI IPSSTGAAKA VGKVLPSLNG KLTGMSFRVP TVDVSVVDLT VRLEKAATYD EIKKAIKEES EGKMKGILGY TEDDVVSTDF VGDNRSSIFD 301: AKAGIALSDK FVKLVSWYDN EWGYSSRVVD LIVHMSKA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)