AT1G09940.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Glutamyl-tRNA reductase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Encodes glutamyl-tRNA reductase. Involved in heme biosynthesis in non-photosynthetic tissues and induced by oxidative stress in photosynthetic tissues to supply heme for defensive hemoproteins | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
HEMA2; FUNCTIONS IN: glutamyl-tRNA reductase activity; INVOLVED IN: response to oxidative stress, heme biosynthetic process, tetrapyrrole biosynthetic process, porphyrin biosynthetic process; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase (InterPro:IPR006151), Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase, conserved site (InterPro:IPR018214), Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase, C-terminal (InterPro:IPR015896), Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase (InterPro:IPR000343), Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase, N-terminal (InterPro:IPR015895); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Glutamyl-tRNA reductase family protein (TAIR:AT1G58290.1); Has 5044 Blast hits to 5020 proteins in 1819 species: Archae - 226; Bacteria - 3662; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 221; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 934 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr1:-:3237224..3239262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 58295.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 8.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 530 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVSSAFVVT PKLEKLLANH HNPTYSSSPA PLDVIGIRAL PMNNRNKRGL IQRARCEISP SNKAASISAL EQLKTSAIDR YTKERSSIVV IGLSIHTAPV 101: EMREKLAIPE AEWPRAIAEL CGLNHIEEAA VLSTCNRMEI YVLALSQHRG VKEVTEWMSK TSGIPVSEIC QHRFLLYNKD VTQHIFEVSA GLDSLVLGEG 201: QILAQVKQVV KVGQGVNGFG RNISGLFKHA ITVGKRVRTE TNIAAGAVSV SSAAVELALM KLPESSHASS ARMLVVGAGK MGKLVIKHLV AKGCTKMVVV 301: NRSEEKVAAV RNEMPPGVEI IYKPLDEMLS CAAEADVVFT STASETPLFL KEQVETLPPV RDARLFVDIS VPRNVGSCVA EIDGTRVFNV DDLKEVVAAN 401: KEDRVRKAMD AQAIITDESK HFEAWRDSLE TVPTIKKLRG YTERIIAAEI EKSLPKMGID MNKKMRKTVD DLIRGIVNKL LHGPMQHLRC DGNDSRTLSE 501: TLDNMQALNR MYGLDAEILE EKIRAKVEKK |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)