AT1G08900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.909 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Major facilitator superfamily protein; FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Major facilitator superfamily protein (TAIR:AT1G08890.1); Has 23143 Blast hits to 22654 proteins in 1781 species: Archae - 437; Bacteria - 7818; Metazoa - 5011; Fungi - 6239; Plants - 2470; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1168 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2852478..2855610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51055.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 462 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESERLESHL LNKQEEEASS FTSGLLLSTS VVVAGSFCYG CAMSYSSPAQ SKIMEELGLS VADYSFFTSV MTLGGMITAV FSGKISALVG RRQTMWISDV 101: CCIFGWLAVA FAHDIIMLNT GRLFLGFGVG LISYVVPVYI AEITPKTFRG GFSYSNQLLQ CLGISLMFFT GNFFHWRTLA LLSAIPSAFQ VICLFFIPES 201: PRWLAMYGQD QELEVSLKKL RGENSDILKE AAEIRETVEI SRKESQSGIR DLFHIGNAHS LIIGLGLMLL QQFCGSAAIS AYAARIFDKA GFPSDIGTTI 301: LAVILIPQSI VVMLTVDRWG RRPLLMISSI GMCICSFFIG LSYYLQKNGE FQKLCSVMLI VGLVGYVSSF GIGLGGLPWV IMSEIFPVNV KITAGSLVTM 401: SNWFFNWIII YSFNFMIQWS ASGTYFIFSG VSLVTIVFIW TLVPETKGRT LEEIQTSLVR LS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)