AT1G08190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vacuolar protein sorting 41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Might be involved in protein sorting to the vacuole. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vacuolar protein sorting 41 (VPS41); FUNCTIONS IN: binding, nucleotide binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: gravitropism, protein targeting to vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), Vacuolar protein sorting-associated protein 41 (InterPro:IPR016902), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781), Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat (InterPro:IPR000547); Has 13288 Blast hits to 4251 proteins in 360 species: Archae - 4; Bacteria - 340; Metazoa - 7814; Fungi - 1141; Plants - 584; Viruses - 346; Other Eukaryotes - 3059 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2567652..2573142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 110284.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 980 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAVPPENGV DGDDEREEEE EDEEEEEEEE EEENGDEAEE EPRLKYQRMG GNVPALLSND AASCIAVAAR MIALGTHDGT VRILDLLGNQ VKEFRAHTAP 101: VNDINFDTEG EYIGSCSDDG SVVINSLFTD DEKMKFDYHR PMKAISLDPD YTKKQSKRFV AGGLAGHLYM NSKKWFGNKD QVLHSGEGPI HSVKWRGSLI 201: AWANDVGVKV YDTAKDQRVT FIEKPRGSPR PEALLPHLVW QDDTLLVIGW GTSVKIASIK SDQQQTGTFR QIQMSSLTQV DIVASFQTSY YISGIAPFGD 301: SLVILAYIPI EGDGEKEFSS TTTLSRQGNA QRPEIRIVSW NNDELTMDAL PVHGFEHYKA KDYSLAHAPF PGSSYAGGQW AAGDEPLYYI VSPKDVVIAK 401: PRDAEDHINW LLQHGFHEKA LAAVEASEGR TELIDKVGAG YLDHLIVERK YAEAASLCPK LLRGSASAWE RWVFHFAQLR QLPVLVPYMP TDNPRLKDTV 501: YEVALVALAT NPSYHKELLS AVKSWPRSVY SALTVISAIE PQLNTSSMTD ALKEALAELY VIDGQYQKAF SLYADLLKPE VFDFIEKYSL HEAIRGKVVQ 601: LMLLDCKRAT VLFIQNRDLI PPSEVVPQLL KAGKNPQVLK AGKKCDSRYY LYLYLHALFE VSHDTGKDFH DMQVELYAEY DTKMLLPFLR SSQHYKLEKA 701: YELCVKKDFL REQVFVLGRM GNAKQALAVI INKLGDIEEA VEFVSMQHDD DLWEELIKQC LNKPEMVGLL LEHTVGNLDP LYIVNMVPNG LEIPRLRDRL 801: VKIVTDYRTE TSLRHGCNDI LKTDIVNLLV KCFNEARRGV CLSHEDDDSR AKREDNNRSS FSQRMVVDKS LSIKMTEVKS KTRGDTRCCM CFDPVSIRGD 901: TVVVFFCCHA YHETCLMDAA FSNNNHKTTK GSSGYEYSYD NGVDEEEEDE EEDEDGDGDR PGRSRLRCIL CTTAAAASAR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)