AT1G06180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : myb domain protein 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of MYB3R- and R2R3- type MYB- encoding genes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
myb domain protein 13 (MYB13); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), Myb transcription factor (InterPro:IPR015495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myb domain protein 14 (TAIR:AT2G31180.1); Has 8947 Blast hits to 8242 proteins in 510 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 809; Fungi - 464; Plants - 5950; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 1718 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1889510..1891089 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27952.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 246 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRRPCCEKI GLKKGPWSAE EDRILINYIS LHGHPNWRAL PKLAGLLRCG KSCRLRWINY LRPDIKRGNF TPHEEDTIIS LHQLLGNRWS AIAAKLPGRT 101: DNEIKNVWHT HLKKRLHHSQ DQNNKEDFVS TTAAEMPTSP QQQSSSSADI SAITTLGNNN DISNSNKDSA TSSEDVLAII DESFWSEVVL MDCDISGNEK 201: NEKKIENWEG SLDRNDKGYN HDMEFWFDHL TSSSCIIGEM SDISEF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)