AT5G53970.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Tyrosine transaminase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes tyrosine aminotransferase which is strongly induced upon aging and coronatine treatment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Tyrosine transaminase family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase (InterPro:IPR001176), Aminotransferase, class I/classII (InterPro:IPR004839), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Tyrosine transaminase (InterPro:IPR021178), Tyrosine/nicotianamine aminotransferase (InterPro:IPR005958), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tyrosine transaminase family protein (TAIR:AT5G36160.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21910676..21912594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45904.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 414 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENGATTTST ITIKGILSLL MESITTEEDE GGKRVISLGM GDPTLYSCFR TTQVSLQAVS DSLLSNKFHG YSPTVGLPQA RRAIAEYLSR DLPYKLSQDD 101: VFITSGCTQA IDVALSMLAR PRANILLPRP GFPIYELCAK FRHLEVRYVD LLPENGWEID LDAVEALADE NTVALVVINP GNPCGNVYSY QHLMKIAESA 201: KKLGFLVIAD EVYGHLAFGS KPFVPMGVFG SIVPVLTLGS LSKRWIVPGW RLGWFVTTDP SGSFKDPKII ERFKKYFDIL GGPATFIQAA VPTILEQTDE 301: SFFKKTLNSL KNSSDICCDW IKEIPCIDSS HRPEGSMAMM VKLNLSLLED VSDDIDFCFK LAREESVILL PGTAVGLKNW LRITFAADAT SIEEAFKRIK 401: CFYLRHAKTQ YPTI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)