AT1G05360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNARE associated Golgi protein family (TAIR:AT4G14950.1); Has 332 Blast hits to 326 proteins in 115 species: Archae - 0; Bacteria - 11; Metazoa - 174; Fungi - 0; Plants - 74; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 73 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1564816..1567278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46621.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 416 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGYGNRASSK TPAISGLREK HQQDLEKLTL TSQPFKTLRL FVVAVFLYVR RWSSYLLANV GWLILFCSIF VAFAALLVTL DGPHVKHVEE LSEYTRFGLW 101: WIFLGVASSI GLGSGLHTFV LYLGPHIALF TIKVMQCGRV DLKSAIYDTI QLKRSPSWLD KPCHEFGSPV FSSGVPLSSI LPQVQIEAIL WGLGTALGEL 201: PPYFISRAAS LSGGKMKELE TCSGDDNGFI AKRVNQIKSW LLSHSQYLNF FTILILASVP NPLFDLAGIM CGQFEKPFWE FFLATLIGKA IIKTHIQTVF 301: IICVCNNQLL DWVENELIYI LSFVPGFASA LPELTAKLRL MKEKYLIASP PVSSDINVKK WDLSFASVWN GVVWLMLLNF FGQIVTSTAQ RYLKKQQEEE 401: LDALTNKSSL TSKKSK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)