AT1G03475.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Coproporphyrinogen III oxidase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes coproporphyrinogen III oxidase, a key enzyme in the biosynthetic pathway of chlorophyll and heme, a tetrapyrrole pathway. Mutants express cytological and molecular markers associated with the defense responses, usually activated by pathogen infection. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
LESION INITIATION 2 (LIN2); FUNCTIONS IN: coproporphyrinogen oxidase activity; INVOLVED IN: tetrapyrrole biosynthetic process; LOCATED IN: apoplast, chloroplast stroma, chloroplast, plastid; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Coproporphyrinogen III oxidase (InterPro:IPR001260), Coproporphyrinogen III oxidase, conserved site (InterPro:IPR018375); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Coproporphyrinogen III oxidase (TAIR:AT4G03205.1); Has 4884 Blast hits to 4875 proteins in 1228 species: Archae - 0; Bacteria - 2144; Metazoa - 115; Fungi - 160; Plants - 86; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2379 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:869302..871175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43798.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 386 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASHSSTLLS SPTFAPFSSH RLHYSPNPST LRFSRPIRNK PNLALRCSVS IEKEVPETER PFTFLRDSDD VTPSSSSSSV RARFETMIRA AQDSVCDAIE 101: AIEGGPKFKE DVWSRPGGGG GISRVLQDGN VFEKAGVNVS VVYGVMPPEA YRAAKGSASD QKPGPVPFFA AGVSSVLHPK NPFAPTLHFN YRYFETDAPK 201: DVPGAPRQWW FGGGTDFTPA YIFEEDVKHF HSIQKQACDK FDPSFYPRFK KWCDDYFYIK HRDERRGLGG IFFDDLNDYD QEMLLSFATE CANSVVPAYI 301: PIVEKRKDME FTEQHKAWQQ LRRGRYVEFN LVYDRGTTFG LKTGGRIESI LVSLPLSARW EYDHKPEEGT EEWKLLDACI NPKEWI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)