AT1G01350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger (CCCH-type/C3HC4-type RING finger) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Zinc finger (CCCH-type/C3HC4-type RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding, nucleic acid binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger (CCCH-type/C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT5G06420.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:136732..137970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38711.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 343 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDSGEPKPS QQEEPLPQPA AQETQSQQVC TFFKKPTKSK NIRKRTIDAD EEDGDSKSES SILQNLKKVA KPDSKLYFSS GPSKSSTTTS GAPERSVFHY 101: DSSKEIQVQN DSGATATLET ETDFNQDARA IRERVLKKAD EALKGNKKKA SDEKLYKGIH GYTDHKAGFR REQTISSEKA GGSHGPLRAS AHIRVSARFD 201: YQPDICKDYK ETGYCGYGDS CKFLHDRGDY KPGWQIEKEW EEAEKVRKRN KAMGVEDEDD EADKDSDEDE NALPFACFIC REPFVDPVVT KCKHYFCEHC 301: ALKHHTKNKK CFVCNQPTMG IFNAAHEIKK RMAEERSKAE QGL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)