AT1G17520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like/winged-helix DNA-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Homeodomain-like/winged-helix DNA-binding family protein; FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: nucleus, nucleosome; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Histone H1/H5 (InterPro:IPR005818), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like/winged-helix DNA-binding family protein (TAIR:AT1G72740.1); Has 882 Blast hits to 875 proteins in 156 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 109; Fungi - 89; Plants - 618; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 66 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6024959..6027224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32786.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 296 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGNQKLKWTA EEEEALLAGV RKHGPGKWKN ILRDPELAEQ LSSRSNIDLK DKWRNLSVAP GIQGSKDKIR TPKIKAAAFH LAAAAAAAIV TPTHSGHSSP 101: VATLPRSGSS DLSIDDSFNI VVDPKNAPRY DGMIFEALSN LTDANGSDVS AIFNFIEQRQ EVPPNFRRML SSRLRRLAAQ GKLEKVSHLK STQNFYKMND 201: NSLVQRTPHV ARPKESNTKS RQQTNSQGPS ISQQIVEASI TAAYKLVEVE NKLDVSKGAA EEIERLMKLA EEADEMLVIA REMHEECSQG KIMYLN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)