AT1G01040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : dicer-like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a Dicer homolog. Dicer is a RNA helicase involved in microRNA processing. Mutations in this locus can result in embryo lethality. Embryo shape at seed maturity is globular-elongate. Other mutants convert the floral meristems to an indeterminate state, others yet show defects in ovule development. mRNA is expressed in all shoot tissues. DCL1 is able to produce miRNAs and siRNAs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
dicer-like 1 (DCL1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Restriction endonuclease, type I, R subunit/Type III, Res subunit (InterPro:IPR006935), Double-stranded RNA-binding (InterPro:IPR001159), Argonaute/Dicer protein, PAZ (InterPro:IPR003100), Ribonuclease III (InterPro:IPR000999), Double-stranded RNA-binding-like (InterPro:IPR014720), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021), Dicer double-stranded RNA-binding fold (InterPro:IPR005034); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: dicer-like 3 (TAIR:AT3G43920.2); Has 21958 Blast hits to 17420 proteins in 2982 species: Archae - 328; Bacteria - 11461; Metazoa - 3615; Fungi - 1668; Plants - 1373; Viruses - 45; Other Eukaryotes - 3468 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:23519..31079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 213585.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1909 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MVMEDEPREA TIKPSYWLDA CEDISCDLID DLVSEFDPSS VAVNESTDEN GVINDFFGGI DHILDSIKNG GGLPNNGVSD TNSQINEVTV TPQVIAKETV 0101: KENGLQKNGG KRDEFSKEEG DKDRKRARVC SYQSERSNLS GRGHVNNSRE GDRFMNRKRT RNWDEAGNNK KKRECNNYRR DGRDREVRGY WERDKVGSNE 0201: LVYRSGTWEA DHERDVKKVS GGNRECDVKA EENKSKPEER KEKVVEEQAR RYQLDVLEQA KAKNTIAFLE TGAGKTLIAI LLIKSVHKDL MSQNRKMLSV 0301: FLVPKVPLVY QQAEVIRNQT CFQVGHYCGE MGQDFWDSRR WQREFESKQV LVMTAQILLN ILRHSIIRME TIDLLILDEC HHAVKKHPYS LVMSEFYHTT 0401: PKDKRPAIFG MTASPVNLKG VSSQVDCAIK IRNLETKLDS TVCTIKDRKE LEKHVPMPSE IVVEYDKAAT MWSLHETIKQ MIAAVEEAAQ ASSRKSKWQF 0501: MGARDAGAKD ELRQVYGVSE RTESDGAANL IHKLRAINYT LAELGQWCAY KVGQSFLSAL QSDERVNFQV DVKFQESYLS EVVSLLQCEL LEGAAAEKVA 0601: AEVGKPENGN AHDEMEEGEL PDDPVVSGGE HVDEVIGAAV ADGKVTPKVQ SLIKLLLKYQ HTADFRAIVF VERVVAALVL PKVFAELPSL SFIRCASMIG 0701: HNNSQEMKSS QMQDTISKFR DGHVTLLVAT SVAEEGLDIR QCNVVMRFDL AKTVLAYIQS RGRARKPGSD YILMVERGNV SHAAFLRNAR NSEETLRKEA 0801: IERTDLSHLK DTSRLISIDA VPGTVYKVEA TGAMVSLNSA VGLVHFYCSQ LPGDRYAILR PEFSMEKHEK PGGHTEYSCR LQLPCNAPFE ILEGPVCSSM 0901: RLAQQAVCLA ACKKLHEMGA FTDMLLPDKG SGQDAEKADQ DDEGEPVPGT ARHREFYPEG VADVLKGEWV SSGKEVCESS KLFHLYMYNV RCVDFGSSKD 1001: PFLSEVSEFA ILFGNELDAE VLSMSMDLYV ARAMITKASL AFKGSLDITE NQLSSLKKFH VRLMSIVLDV DVEPSTTPWD PAKAYLFVPV TDNTSMEPIK 1101: GINWELVEKI TKTTAWDNPL QRARPDVYLG TNERTLGGDR REYGFGKLRH NIVFGQKSHP TYGIRGAVAS FDVVRASGLL PVRDAFEKEV EEDLSKGKLM 1201: MADGCMVAED LIGKIVTAAH SGKRFYVDSI CYDMSAETSF PRKEGYLGPL EYNTYADYYK QKYGVDLNCK QQPLIKGRGV SYCKNLLSPR FEQSGESETV 1301: LDKTYYVFLP PELCVVHPLS GSLIRGAQRL PSIMRRVESM LLAVQLKNLI SYPIPTSKIL EALTAASCQE TFCYERAELL GDAYLKWVVS RFLFLKYPQK 1401: HEGQLTRMRQ QMVSNMVLYQ FALVKGLQSY IQADRFAPSR WSAPGVPPVF DEDTKDGGSS FFDEEQKPVS EENSDVFEDG EMEDGELEGD LSSYRVLSSK 1501: TLADVVEALI GVYYVEGGKI AANHLMKWIG IHVEDDPDEV DGTLKNVNVP ESVLKSIDFV GLERALKYEF KEKGLLVEAI THASRPSSGV SCYQRLEFVG 1601: DAVLDHLITR HLFFTYTSLP PGRLTDLRAA AVNNENFARV AVKHKLHLYL RHGSSALEKQ IREFVKEVQT ESSKPGFNSF GLGDCKAPKV LGDIVESIAG 1701: AIFLDSGKDT TAAWKVFQPL LQPMVTPETL PMHPVRELQE RCQQQAEGLE YKASRSGNTA TVEVFIDGVQ VGVAQNPQKK MAQKLAARNA LAALKEKEIA 1801: ESKEKHINNG NAGEDQGENE NGNKKNGHQP FTRQTLNDIC LRKNWPMPSY RCVKEGGPAH AKRFTFGVRV NTSDRGWTDE CIGEPMPSVK KAKDSAAVLL 1901: LELLNKTFS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)