AT3G23580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribonucleotide reductase 2A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of the 3 ribonucleotide reductase (RNR) small subunit genes (RNR2A). Functionally redundant with the ribonucleotide reductase TSO2. mRNA was shown to specifically accumulate during the S-phase of the cell cycle in synchronized tobacco BY2 cells. Critical for cell cycle progression, DNA damage repair and plant development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribonucleotide reductase 2A (RNR2A); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonucleotide reductase-related (InterPro:IPR012348), Ribonucleotide reductase (InterPro:IPR000358), Ferritin/ribonucleotide reductase-like (InterPro:IPR009078); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ferritin/ribonucleotide reductase-like family protein (TAIR:AT3G27060.1); Has 9602 Blast hits to 9597 proteins in 2376 species: Archae - 34; Bacteria - 4358; Metazoa - 261; Fungi - 240; Plants - 185; Viruses - 729; Other Eukaryotes - 3795 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:8460261..8462574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39372.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 341 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSLKEGQGR DMEEGESEEP LLMAQNQRFT MFPIRYKSIW EMYKKAEASF WTAEEVDLST DVQQWEALTD SEKHFISHIL AFFAASDGIV LENLAARFLN 101: DVQVPEARAF YGFQIAMENI HSEMYSLLLE TFIKDSKEKD RLFNAIETIP CISKKAKWCL DWIQSPMSFA VRLVAFACVE GIFFSGSFCA IFWLKKRGLM 201: PGLTFSNELI SRDEGLHCDF ACLLYSLLQK QLPLEKVYQI VHEAVEIETE FVCKALPCDL IGMNSNLMSQ YIQFVADRLL VTLGCERTYK AENPFDWMEF 301: ISLQGKTNFF EKRVGEYQKA SVMSNLQNGN QNYEFTTEED F |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)