AT1G70670.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Caleosin-related family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Caleosin-related family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Caleosin related (InterPro:IPR007736); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Caleosin-related family protein (TAIR:AT1G70680.1); Has 341 Blast hits to 336 proteins in 61 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 60; Plants - 278; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:26644830..26645970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22093.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 195 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSISTGVK FVPEEDNFLQ RHVAFFDRNK DGIVYPSETF QGFRAIGCGY LLSAVASVFI NIGLSSKTRP GKGFSIWFPI EVKNIHLAKH GSDSGVYDKD 101: GRFVASKFEE IFTKHAHTHR DALTNEELKQ LLKANKEPND RKGWLAGYTE WKVLHYLCKD KNGLLHKDTV RAAYDGSLFE KLEKQRSSKT SKKHP |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)