AT5G20920.3
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.906 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : eukaryotic translation initiation factor 2 beta subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
protein synthesis initiation factor eIF2 beta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
eukaryotic translation initiation factor 2 beta subunit (EIF2 BETA); FUNCTIONS IN: protein binding, translation initiation factor activity; INVOLVED IN: translational initiation, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal (InterPro:IPR016189), Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding (InterPro:IPR016190), Translation initiation factor IF2/IF5 (InterPro:IPR002735); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Translation initiation factor IF2/IF5 (TAIR:AT3G07920.1); Has 1323 Blast hits to 1320 proteins in 358 species: Archae - 271; Bacteria - 0; Metazoa - 350; Fungi - 277; Plants - 186; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 235 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7094994..7096661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30664.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 268 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADEINEIRE EQEQLAPFDP SKKKKKKKVV IQEPVEDLAE SSQTEKSDSL PVNDGLESSF TGMKKKKKKP TESSLLNNES VDAGEDLDEI ANDEQEGEEG 101: IVLQQRYPWE GSERDYIYDE LLGRVFNILR ENNPELAGDR RRTVMRPPQV LREGTKKTVF VNFMDLCKTM HRQPDHVMQY LLAELGTSGS LDGQQRLVVK 201: GRFAPKNFEG ILRRYITDYV ICLGCKSPDT ILSKENRLFF LRCEKCGSQR SVAPIKTGFV ARVSRRKT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)