AT4G15530.6
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 plastid 0.500 ASURE: cytosol,plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pyruvate orthophosphate dikinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a dual-targeted protein believed to act as a pyruvate, orthophosphate dikinase. These enzymes are normally associated with C4 photosynthesis which does not occur in Arabidopsis. However, PPDK may play a role in remobilizing nitrogen during leaf senescence in Arabidopsis. The product of the long transcript (.1 gene model) was shown to be targeted to the chloroplast, whereas the shorter transcript (no targeting sequence) accumulates in the cytosol. The two proteins were also found to be expressed in slightly different tissues. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pyruvate orthophosphate dikinase (PPDK); FUNCTIONS IN: kinase activity, pyruvate, phosphate dikinase activity; INVOLVED IN: phosphorylation, response to absence of light; LOCATED IN: cytosol, nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyruvate phosphate dikinase, PEP/pyruvate-binding (InterPro:IPR002192), PEP-utilising enzyme, mobile domain (InterPro:IPR008279), Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase, catalytic core (InterPro:IPR015813), PEP-utilising enzyme, mobile region, conserved site (InterPro:IPR018274), ATP-grasp fold, subdomain 2 (InterPro:IPR013816), PEP-utilising enzyme (InterPro:IPR000121), ATP-grasp fold, subdomain 1 (InterPro:IPR013815), Pyruvate, phosphate dikinase (InterPro:IPR010121); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:8864828..8870748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 105144.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 963 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLYIRKKMTS MIVKTTPELF KGNGVFRTDH LGENRMVSRS NRLGDGSNRF PRTGTIHCQR LSIAKTGLHR ETKARAILSP VSDPAASIAQ KRVFTFGKGR 101: SEGNKGMKSL LGGKGANLAE MASIGLSVPP GLTISTEACQ QYQIAGKKLP EGLWEEILEG LSFIERDIGA SLADPSKPLL LSVRSGAAIS MPGMMDTVLN 201: LGLNDQVVVG LAAKSGERFA YDSFRRFLDM FGDVVMGIPH AKFEEKLERM KERKGVKNDT DLSAADLKEL VEQYKSVYLE AKGQEFPSDP KKQLELAIEA 301: VFDSWDSPRA NKYRSINQIT GLKGTAVNIQ CMVFGNMGDT SGTGVLFTRN PSTGEKKLYG EFLVNAQGED VVAGIRTPED LDTMKRFMPE AYAELVENCN 401: ILERHYKDMM DIEFTVQEER LWMLQCRAGK RTGKGAVKIA VDMVGEGLVE KSSAIKMVEP QHLDQLLHPQ FHDPSGYREK VVAKGLPASP GAAVGQVVFT 501: AEEAEAWHSQ GKTVILVRTE TSPDDVGGMH AAEGILTARG GMTSHAAVVA RGWGKCCIAG CSEIRVDENH KVLLIGDLTI NEGEWISMNG STGEVILGKQ 601: ALAPPALSPD LETFMSWADA IRRLKVMANA DTPEDAIAAR KNGAQGIGLC RTEHMFFGAD RIKAVRKMIM AVTTEQRKAS LDILLPYQRS DFEGIFRAMD 701: GLPVTIRLLD PPLHEFLPEG DLDNIVHELA EETGVKEDEV LSRIEKLSEV NPMLGFRGCR LGISYPELTE MQARAIFEAA ASMQDQGVTV IPEIMVPLVG 801: TPQELGHQVD VIRKVAKKVF AEKGHTVSYK VGTMIEIPRA ALIADEIAKE AEFFSFGTND LTQMTFGYSR DDVGKFLPIY LAKGILQHDP FEVLDQQGVG 901: QLIKMATEKG RAARPSLKVG ICGEHGGDPS SVGFFAEAGL DYVSCSPFRV PIARLAAAQV VVA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)