AT4G01400.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: COG4 transport (InterPro:IPR013167); Has 465 Blast hits to 425 proteins in 199 species: Archae - 0; Bacteria - 3; Metazoa - 153; Fungi - 166; Plants - 45; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 98 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:573098..575648 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 82982.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 738 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPEIEQDDAA AETVDSSTVK FGTPEALEYV RSLTDVGAMT RLLHECIAYQ RSLDSDLDTL LSQRTELDRN LVQLQRSAEI LDIVKADADH MLGNVRSTCD 101: LADQVSGKVR ELDLAQSRVN VTLSRIDAIV ERGNCIEGVK TALESEDYES AAKFVQRFLQ IDLQYKDSGS DQSEQLHASK EQLEGIAKKK LLAAIDQRDH 201: PTILRFVRLY SPLGMETEGL QLYVGYLKKV IALRGRMEYE NVVELMEQGL GQVNFVGCLT NLFKDIVMAI EENDEILRGL CGEDGVAYAI CELQEECDLR 301: GSLILKKYMD FRKLAILASD INNSPNLNIL PGGASEGPDP REVELYVEEI LSLMQLGEDY TEFMVSKIKS LTSVDPELLP TATKAFRNKS FSKAIQDVTR 401: YYVILEGFFM VENVRKAIRI DEHVPDSLTT SMVDDVFYVL QSCLRRAIST SNISSVIAVL SYAGSLLGND YHEALQQKIR EPNLGARLFL GGIGVENTGT 501: EIATALNNMD VSCEYILKLK HEIEEQCTEV FPAPADRERI KSCLSELGEL SSTFKQLLNS GMEQLVATVT PRIRPVLDTV ATISYELTET EYAENEVNDP 601: WVQRLLHSVE TNAAWLQPLM TSNNYDSFLH LIIDFIVKRL EVIMMQKRFS QLGGLQLDRD TRALVSHFSG MTQRTVRDKF ARLTQMATIL NLEKVSEILD 701: FWGENSGPMT WRLTPAEVRR VLGLRVEFKP ESIAALKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)