AT3G54230.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : suppressor of abi3-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a splicing factor SUA (suppressor of abi3-5), homologous to the human protein RBM5. Controls alternative splicing of the developmental regulator ABI3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
suppressor of abi3-5 (SUA); FUNCTIONS IN: zinc ion binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: nuclear mRNA splicing, via spliceosome; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), D111/G-patch (InterPro:IPR000467), Zinc finger, RanBP2-type (InterPro:IPR001876); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ortholog of human splicing factor SC35 (TAIR:AT5G64200.2). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20073872..20080142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 112660.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1008 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MDPSRYGRQQ EWDNNSAPEG YGTQHDPNHR FGVSYDDGYP DERLMRDDVY NYPPGHNTLG DLPQSRKRNY EENYPSELRR QEKPYIDSNY AADYYHDSEA 0101: GSRNGHYRDH EHERSSRYDG CDDYSCNDNN YRSKNYHHSR DDGREKDYDY TRRSYDSEYE RASVRDGSRK SRDPQDRERN SRDREWDSRD REWDKRCYSR 0201: ERDESPHKRY EKSRSRSTGR GEFSRSRSPR GRSHGRSYRE DSYEGDHWNE SERRREYEDR HNQDHFSATP SATVVVKGLS MKSTEEDLYQ ILAEWGPLHH 0301: VRVIREQNSG ISRGFAFIDF PTVDAARTMM DRIEHDGIVL DGRKLMFHYS SQPTGRAGVS RRQEHASRRS YGGSRNMIVP TDWICTICGC INFARRTSCF 0401: QCNEPKTKDS PSADVGLSNS AAGKRISETG PTHVLVVRGL DEDADEEMLR YEFSKHAPIK DLRLVRDKFT HVSRGFAFVH FYSVEDATKA LEATNRTALE 0501: RNGKILRVAY AKSVHGSGTG ISAPSHSNNL AAAAIEAATF SQQYDGVGWA PKEYNTGEKQ NTGGQAQGVG EIESQKGTSA PQSGYVWDEA SGYYYDAASG 0601: YYYDGNSGLY YDSNSGLWYS YDQQTQQYVP CPDQNNESKV TENQPDSAKK EKSSQQKVII SAATTPNVEK VLSLPDAVQA AAAAAIASEK REKERVKEIK 0701: LASKTSLLAS KKKMSNVLTM WKQRSHETQI QRPSPSLGDN PPTVSAEARS SFSTGQSMGK LKSDVIIAKE RSTSNHGVSA LTTAESSSSS TTGGTLMGVM 0801: RGSFGGTLGG ASSSASVQMP PILPSASPAS VSVSGSGRRR FSETPTAGPT HREQPQTSYR DRAAERRNLY GSSTSSGNDV IDSSEDLMGL RKGSSDPTPF 0901: PPGVGGRGIT TSTEVSSFDV ITEERAIDES NVGNRMLRNM GWHEGSGLGK DGSGMKEPVQ AQGVDRRAGL GSQQKKVDAE FEVQPGDTYR TLLHKKALAR 1001: FRDMSDNN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)