AT3G07740.4
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : homolog of yeast ADA2 2A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a transcriptional adaptor ADA2a that interacts with histone acetyltransferase GCN5 homolog and CBF1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homolog of yeast ADA2 2A (ADA2A); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: response to cold; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, eukarya (InterPro:IPR017884), SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Transcriptional adaptor 2 (InterPro:IPR016827), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), SWIRM (InterPro:IPR007526), Zinc finger, ZZ-type (InterPro:IPR000433); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homolog of yeast ADA2 2B (TAIR:AT4G16420.2). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2470014..2473062 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62890.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 555 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRSKLASRP AEEDLNPGKS KRKKISLGPE NAAASISTGI EAGNERKPGL YCCNYCDKDL SGLVRFKCAV CMDFDLCVEC FSVGVELNRH KNSHPYRVMV 101: SFQRRADNLS FSLVTSDWNA DEEILLLEAI ATYGFGNWKE VADHVGSKTT TECIKHFNSA YMQSPCFPLP DLSHTIGKSK DELLAMSKDS AVKTEIPAFV 201: RLSPKEELPV SAEIKHEASG KVNEIDPPLS ALAGVKKKGN VPQAKDIIKL EAAKQQSDRS VGEKKLRLPG EKVPLVTELY GYNLKREEFE IEHDNDAEQL 301: LADMEFKDSD TDAEREQKLQ VLRIYSKRLD ERKRRKEFVL ERNLLYPDQY EMSLSAEERK IYKSCKVFAR FQSKEEHKEL IKKVIEEHQI LRRIEDLQEA 401: RTAGCRTTSD ANRFIEEKRK KEAEESMLLR LNHGAPGSIA GKTLKSPRGL PRNLHPFGSD SLPKVTPPRI YSGLDTWDVD GLLGADLLSE TEKKMCNETR 501: ILPVHYLKML DILTREIKKG QIKKKSDAYS FFKVEPSKVD RVYDMLVHKG IGDST |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)