AT2G46430.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cyclic nucleotide gated channel 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
cyclic nucleotide gated channel (CNGC4), downstream component of the signaling pathways leading to HR/resistance | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cyclic nucleotide gated channel 3 (CNGC3); FUNCTIONS IN: ion channel activity, cyclic nucleotide binding, calmodulin binding; INVOLVED IN: ion transport, transmembrane transport; LOCATED IN: membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclic nucleotide-binding (InterPro:IPR000595), Ion transport (InterPro:IPR005821), Cyclic nucleotide-binding-like (InterPro:IPR018490), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclic nucleotide gated channel 10 (TAIR:AT1G01340.2); Has 3204 Blast hits to 3078 proteins in 223 species: Archae - 0; Bacteria - 24; Metazoa - 1501; Fungi - 4; Plants - 972; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 703 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19058472..19061273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 81673.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 706 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMNPQRNKFV RFNGNDDEFS TKTTRPSVSS VMKTVRRSFE KGSEKIRTFK RPLSVHSNKN KENNKKKKIL RVMNPNDSYL QSWNKIFLLL SVVALAFDPL 101: FFYIPYVKPE RFCLNLDKKL QTIACVFRTF IDAFYVVHML FQFHTGFITP SSSGFGRGEL NEKHKDIALR YLGSYFLIDL LSILPIPQVV VLAIVPRMRR 201: PASLVAKELL KWVIFCQYVP RIARIYPLFK EVTRTSGLVT ETAWAGAALN LFLYMLASHV FGSFWYLISI ERKDRCWREA CAKIQNCTHA YLYCSPTGED 301: NRLFLNGSCP LIDPEEITNS TVFNFGIFAD ALQSGVVESR DFPKKFFYCF WWGLRNLSAL GQNLKTSAFE GEIIFAIVIC ISGLVLFALL IGNMQKYLQS 401: TTVRVEEMRV KRRDAEQWMS HRMLPDDLRK RIRKYEQYKW QETKGVEEEA LLSSLPKDLR KDIKRHLCLK LLKKVPWFQA MDDRLLDALC ARLKTVLYTE 501: KSYIVREGEP VEDMLFIMRG NLISTTTYGG RTGFFNSVDL VAGDFCGDLL TWALDPLSSQ FPISSRTVQA LTEVEGFLLS ADDLKFVATQ YRRLHSKQLR 601: HMFRFYSVQW QTWAACFIQA AWKRHCRRKL SKALREEEGK LHNTLQNDDS GGNKLNLGAA IYASRFASHA LRNLRANAAA RNSRFPHMLT LLPQKPADPE 701: FPMDET |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)