AT2G31450.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA glycosylase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ATNTH1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helix-hairpin-helix motif (InterPro:IPR000445), Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 (InterPro:IPR003583), Endonuclease III, iron-sulphur binding site (InterPro:IPR004035), DNA glycosylase (InterPro:IPR011257), Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif (InterPro:IPR003651), Endonuclease III, conserved site-2 (InterPro:IPR004036), HhH-GPD domain (InterPro:IPR003265); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: endonuclease III 2 (TAIR:AT1G05900.2); Has 14133 Blast hits to 14127 proteins in 2683 species: Archae - 365; Bacteria - 9377; Metazoa - 224; Fungi - 192; Plants - 158; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3817 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:13401318..13404134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41487.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 377 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MILLVNGGAA TSIHPNAARF YRIGTMSRQI HGAVSSSKHI SLKTQHPLSD SNSAYGASGS ETRVYTRKKR LKQEPFEPLE KYSGKGVNTH KLCGLPDIED 101: FAYKKTIGSP SSSRSTETSI TVTSVKTAGY PPENWVEVLE GIRQMRSSED APVDSMGCDK AGSFLPPTER RFAVLLGALL SSQTKDQVNN AAIHRLHQNG 201: LLTPEAVDKA DESTIKELIY PVGFYTRKAT YMKKIARICL VKYDGDIPSS LDDLLSLPGI GPKMAHLILH IAWNDVQGIC VDTHVHRICN RLGWVSRPGT 301: KQKTTSPEET RVALQQWLPK EEWVAINPLL VGFGQMICTP IRPRCEACSV SKLCPAAFKE TSSPSSKLKK SNRSKEP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)