AT1G77690.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.997 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : like AUX1 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an auxin influx carrier LAX3 (Like Aux1) that promotes lateral root emergence. Auxin-induced expression of LAX3 in turn induces a selection of cell-wall-remodelling enzymes, which are likely to promote cell separation in advance of developing lateral root primordia. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
like AUX1 3 (LAX3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Amino acid transporter, transmembrane (InterPro:IPR013057); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: like AUXIN RESISTANT 2 (TAIR:AT2G21050.1); Has 1212 Blast hits to 1207 proteins in 154 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 167; Fungi - 294; Plants - 716; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 35 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29201232..29203317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53308.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 470 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAEKIETVV AGNYLEMERE EENISGNKKS STKTKLSNFF WHGGSVYDAW FSCASNQVAQ VLLTLPYSFS QLGMMSGILF QLFYGLMGSW TAYLISVLYV 101: EYRTRKEREK FDFRNHVIQW FEVLDGLLGK HWRNLGLIFN CTFLLFGSVI QLIACASNIY YINDKLDKRT WTYIFGACCA TTVFIPSFHN YRIWSFLGLA 201: MTTYTSWYLT IASLLHGQAE DVKHSGPTTM VLYFTGATNI LYTFGGHAVT VEIMHAMWKP QKFKAIYLLA TIYVLTLTLP SASAVYWAFG DKLLTHSNAL 301: SLLPKTGFRD TAVILMLIHQ FITFGFASTP LYFVWEKLIG VHETKSMFKR AMARLPVVVP IWFLAIIFPF FGPINSAVGS LLVSFTVYII PALAHMLTFA 401: PAPSRENAVE RPPRVVGGWM GTYCINIFVV VWVFVVGFGF GGWASMVNFV RQIDTFGLFT KCYQCPPHKP |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)