AT1G54270.2
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.986 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : eif4a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of eIF4A - eukaryotic initiation factor 4A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
eif4a-2 (EIF4A-2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site (InterPro:IPR000629), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: eukaryotic translation initiation factor 4A1 (TAIR:AT3G13920.4). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20260495..20262018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46197.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 407 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGSAPEGTQ FDTRQFDQRL NEVLDGQDEF FTSYDEVHES FDAMGLQENL LRGFEKPSAI QQRGIVPFCK GLDVIQQAQS GTGKTATFCS GVLQQLDYAL 101: LQCQALVLAP TRELAQQIEK VMRALGDYQG VKVHACVGGT SVREDQRILQ AGVHVVVGTP GRVFDMLRRQ SLRPDCIKMF VLDEADEMLS RGFKDQIYDI 201: FQLLPPKIQV GVFSATMPPE ALEITRKFMS KPVRILVKRD ELTLEGIKQF YVNVEKEDWK LETLCDLYET LAITQSVIFV NTRRKVDWLT DKMRSRDHTV 301: SATHGDMDQN TRDIIMREFR SGSSRVLITT DLLARGIDVQ QVSLVINFDL PTQPENYLHR IGRSGRFGRK GVAINFVTLD DQRMLFDIQK FYNVVVEELP 401: SNVADLL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)