AT5G44070.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : phytochelatin synthase 1 (PCS1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Phytochelatin synthase gene confers tolerance to cadmium ions. Catalyzes phytochelatin (PC) synthesis from glutathione (GSH) in the presence of Cd2+, Zn2+, Cu2+ and Fe3+, but not by Co2+ or Ni2+. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CADMIUM SENSITIVE 1 (CAD1); FUNCTIONS IN: cadmium ion binding, copper ion binding, glutathione gamma-glutamylcysteinyltransferase activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phytochelatin synthase, C-terminal (InterPro:IPR015407), Phytochelatin synthase (InterPro:IPR007719); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phytochelatin synthase 2 (TAIR:AT1G03980.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:17734876..17737672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54477.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 485 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMASLYRRS LPSPPAIDFS SAEGKLIFNE ALQKGTMEGF FRLISYFQTQ SEPAYCGLAS LSVVLNALSI DPGRKWKGPW RWFDESMLDC CEPLEVVKEK 101: GISFGKVVCL AHCSGAKVEA FRTSQSTIDD FRKFVVKCTS SENCHMISTY HRGVFKQTGT GHFSPIGGYN AERDMALILD VARFKYPPHW VPLKLLWEAM 201: DSIDQSTGKR RGFMLISRPH REPGLLYTLS CKDESWIEIA KYLKEDVPRL VSSQHVDSVE KIISVVFKSL PSNFNQFIRW VAEIRITEDS NQNLSAEEKS 301: RLKLKQLVLK EVHETELFKH INKFLSTVGY EDSLTYAAAK ACCQGAEILS GSPSKEFCCR ETCVKCIKGP DDSEGTVVTG VVVRDGNEQK VDLLVPSTQT 401: ECECGPEATY PAGNDVFTAL LLALPPQTWS GIKDQALMHE MKQLISMASL PTLLQEEVLH LRRQLQLLKR CQENKEEDDL AAPAY |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)