AT5G27600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 ASURE: peroxisome What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : long-chain acyl-CoA synthetase 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encode peroxisomal long-chain acyl-CoA synthetase. Activates fatty acids for further metabolism. Interacts with PEX5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
long-chain acyl-CoA synthetase 7 (LACS7); FUNCTIONS IN: protein binding, long-chain fatty acid-CoA ligase activity; INVOLVED IN: response to salt stress, long-chain fatty acid metabolic process, response to ozone; LOCATED IN: peroxisome; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMP-binding, conserved site (InterPro:IPR020845), AMP-dependent synthetase/ligase (InterPro:IPR000873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: long-chain acyl-CoA synthetase 6 (TAIR:AT3G05970.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:9742616..9746795 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 77357.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 700 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEFASPEQRR LETIRSHIDT SPTNDQSSSL FLNATASSAS PFFKEDSYSV VLPEKLDTGK WNVYRSKRSP TKLVSRFPDH PEIGTLHDNF VHAVETYAEN 101: KYLGTRVRSD GTIGEYSWMT YGEAASERQA IGSGLLFHGV NQGDCVGLYF INRPEWLVVD HACAAYSFVS VPLYDTLGPD AVKFVVNHAN LQAIFCVPQT 201: LNILLSFLAE IPSIRLIVVV GGADEHLPSL PRGTGVTIVS YQKLLSQGRS SLHPFSPPKP EDIATICYTS GTTGTPKGVV LTHGNLIANV AGSSVEAEFF 301: PSDVYISYLP LAHIYERANQ IMGVYGGVAV GFYQGDVFKL MDDFAVLRPT IFCSVPRLYN RIYDGITSAV KSSGVVKKRL FEIAYNSKKQ AIINGRTPSA 401: FWDKLVFNKI KEKLGGRVRF MGSGASPLSP DVMDFLRICF GCSVREGYGM TETSCVISAM DDGDNLSGHV GSPNPACEVK LVDVPEMNYT SDDQPYPRGE 501: ICVRGPIIFK GYYKDEEQTR EILDGDGWLH TGDIGLWLPG GRLKIIDRKK NIFKLAQGEY IAPEKIENVY TKCRFVSQCF IHGDSFNSSL VAIVSVDPEV 601: MKDWAASEGI KYEHLGQLCN DPRVRKTVLA EMDDLGREAQ LRGFEFAKAV TLVPEPFTLE NGLLTPTFKI KRPQAKAYFA EAISKMYAEI AASNPIPSKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)