AT5G23250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Succinyl-CoA ligase, alpha subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Succinyl-CoA ligase, alpha subunit; FUNCTIONS IN: succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity, copper ion binding; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Succinyl-CoA ligase, alpha subunit (InterPro:IPR005810), ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase (InterPro:IPR005811), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), CoA-binding (InterPro:IPR003781), ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site (InterPro:IPR017440), Succinyl-CoA synthetase-like (InterPro:IPR016102); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Succinyl-CoA ligase, alpha subunit (TAIR:AT5G08300.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:7830460..7832491 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35318.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 341 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRQVTRLLG SLRHSGGGCS GSSKVCSLTS LVQSRSFGTT PPPPAAVFVD KNTRVICQGI TGKNGTFHTE QAIEYGTKMV AGVTPKKGGT EHLGLPVFNT 101: VAEAKAETKA NASVIYVPAP FAAAAIMEGL AAELDLIVCI TEGIPQHDMV RVKAALNSQS KTRLIGPNCP GIIKPGECKI GIMPGYIHKP GKIGIVSRSG 201: TLTYEAVFQT TAVGLGQSTC VGIGGDPFNG TNFVDCLEKF FVDPQTEGIV LIGEIGGTAE EDAAALIKEN GTDKPVVAFI AGLTAPPGRR MGHAGAIVSG 301: GKGTAQDKIK SLRDAGVKVV ESPAKIGAAM FELFQERGLL K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)