AT5G03530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 ASURE: peroxisome What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB GTPase homolog C2A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the Rab GTPase family of proteins. This protein interacts with the tail region of a myosin XI protein (AT5G43900) in a GTP-dependent manner. CFP:RabC2a appears to co-localize with peroxisomes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RAB GTPase homolog C2A (RABC2A); FUNCTIONS IN: GTP binding, myosin XI tail binding, GTP-dependent protein binding; INVOLVED IN: protein transport, small GTPase mediated signal transduction, regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: peroxisome; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras (InterPro:IPR013753), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579), Small GTPase (InterPro:IPR020851), RNA polymerase sigma factor 54, interaction (InterPro:IPR002078), Rab18 (InterPro:IPR015598); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB GTPase homolog C2B (TAIR:AT3G09910.3); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:885741..887061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23306.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 210 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSSSGQSGY DLSFKILLIG DSGVGKSSLL VSFISSSVED LAPTIGVDFK IKQLTVGGKR LKLTIWDTAG QERFRTLTSS YYRGAQGIIL VYDVTRRETF 101: TNLVDVWGKE IELYSTNQEC VRMLVGNKVD RESERGVSRE EGIALAKELN CMFLECSART RQNVEQCFEE LALKIMEVPS LLEEGSSAVK RNILKQKPEH 201: QTNTQSGCCS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)