AT5G58030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transport protein particle (TRAPP) component | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Transport protein particle (TRAPP) component; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transport protein particle (TRAPP) component (InterPro:IPR007194), TRAPP I complex, Trs31 (InterPro:IPR016696); Has 560 Blast hits to 545 proteins in 219 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 199; Fungi - 199; Plants - 63; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 99 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23487021..23488483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21866.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 195 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIGVGKMKQY SNVLDKPLSK GKQEVSLTAF AFLFSELVQY NQTQVDNIAE LERRLEDAGY AVGSRVLELL CNREKGNRRE TRLLGILSFV HSTVWKVLFG 101: KVADSLEKGT EHEDEYMISE KELLVNRFIS IPKDMGTFNC GAFVAGIVKG VLDNAGFPAV VTAHFVPIEG QQRPRTTILI KFADEVLKRE ARLSQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)