AT4G02230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L19e family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L19e family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic ribosome, ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L19/L19e (InterPro:IPR000196), Ribosomal protein L19/L19e, domain 3 (InterPro:IPR015974), Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 (InterPro:IPR015972); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L19e family protein (TAIR:AT3G16780.1); Has 1139 Blast hits to 1139 proteins in 410 species: Archae - 291; Bacteria - 0; Metazoa - 317; Fungi - 168; Plants - 158; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 205 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:979391..980640 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24203.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 208 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSLKLQKRL ASSVLKCGKR KVWLDPNEGS DISMANSRQN IRKLVKDGFI IRKPTKIHSR SRARQLNIAK RKGRHSGYGK RKGTREARLP TKVLWMRRMR 101: VLRRLLKKYR ETKKIDRHMY HDMYMKVKGN VFKNKRVLME SIHKSKAEKA REKTLSDQFE AKRAKNKASR ERKHARREER LAKGPGGDIP AAAPPAQTAE 201: VPAKKSKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)