AT3G26640.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
LIGHT-REGULATED WD 2 (LWD2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein (TAIR:AT1G12910.1); Has 5639 Blast hits to 5196 proteins in 384 species: Archae - 6; Bacteria - 320; Metazoa - 2319; Fungi - 1389; Plants - 885; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 720 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9793276..9794316 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39093.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 346 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVTSSDQIQN GSEEQSKRSE IYTYEAPWQI YAMNWSIRRD KKYRLAITSL IEQYPNRVEI VQLDESNGEI RSDPNLCFEH PYPPTKTSFI PDKECQRPDL 101: LATSSDFLRL WRISDDESRV ELKSCLSSDK NSEFSGPITS FDWNEAEPRR IGTSSIDTTC TIWDIEREVV DTQLIAHDKE VYDIAWGGVG VFASVSEDGS 201: VRVFDLRDKE HSTIIYESGE PSTPLVRLSW NKQDPRYMAT VIMGSAKIVV LDIRFPALPV VELQRHQASV NAIAWAPHSS SHICSAGDDS QALIWDISSM 301: GQHVEGGLDP ILAYTAGAEV EQLQWSSSQP DWVAIAFSNK LQILRV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)