AT1G54150.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : E3 Ubiquitin ligase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
E3 Ubiquitin ligase family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), E3 Ubiquitin ligase (InterPro:IPR022170); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: E3 Ubiquitin ligase family protein (TAIR:AT1G59560.1); Has 1960 Blast hits to 1959 proteins in 225 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1182; Fungi - 34; Plants - 350; Viruses - 140; Other Eukaryotes - 254 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20215480..20217303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42699.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 383 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSPERALLN LLTDIALSFD GAILGLTLAV SAVGSALKYA STNAALKKIK DAPEVSISDL RSLLPASEDK SETNDNRKSN DQRIVVVRGV VKPKISGDEG 101: YKNNNVLISP ETGDKALIIQ RTQTYVYSGW KRLFQSTGHR FMLERSLRKH GADFTRTVPF VIVGKDQQSN SSFVAVNMDG SRQPLPLTTV YNRLQPINSS 201: FLQAFLYPDY PVGLLDIEKI LPPGKDITAV GIYSFNNGVP EIKSCQDLPY FLSEMTKDKM IEDLMEQTNF IFLGSVILGI VSVGILSYAA VRTWNKWKQW 301: NHQRELPQRP NDSVVDDEPE DADEIPDGEL CVICVSRRRV PAFIPCGHVV CCRRCASTVE RELNPKCPVC LQSIRGSMRV YYS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)