AT2G28720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Histone superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Histone superfamily protein; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: nucleosome assembly; LOCATED IN: nucleus, nucleosome; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone H2B (InterPro:IPR000558), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Histone core (InterPro:IPR007125); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Histone superfamily protein (TAIR:AT3G45980.1); Has 3535 Blast hits to 3431 proteins in 349 species: Archae - 0; Bacteria - 57; Metazoa - 2253; Fungi - 226; Plants - 491; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 506 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:12327043..12327498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16530.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 151 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPKAGKKPA EKKPAEKAPA EEEKVAEKAP AEKKPKAGKK LPKEAVTGGV EKKKKRVKKS TETYKIYIFK VLKQVHPDIG ISSKAMGIMN SFINDIFEKL 101: AQEASKLARY NKKPTITSRE IQTAVRLVLP GELAKHAVSE GTKAVTKFTS S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)